本方向面向喀喇昆仑-帕米尔区域丰富的动物资源，以区域优势家养经济动物为研究对象，利用基因组、蛋白组和转录组学技术，解析家养动物优势功能基因和免疫关键基因、基因家族和基因组的结构和功能在生物进化过程中的形成机制和进化规律，根据优良经济性状，筛选关键功能基因，进一步开展分子标记辅助选择，推动区域家养经济动物遗传育种进展。以帕米尔高原濒危动物（盘羊、北山羊、雪豹、雪鸡等）为研究对象，通过濒危动物本地调查、3S技术和景观生态学，探讨濒危动物野外生态、栖息地选择、迁徙廊道，借助现代分子遗传标记，群体遗传多样性，阐明其濒危机制，提出濒危动物保护管理策略，以及边境动物迁徙过程中的生态安全。以帕米尔高原及边境跨境昆虫资源为研究对象，在昆虫资源调查的基础上，利用经典生态学和保护生物学方法，开展昆虫生态、系统进化和系统地理学研究，并针对边境有害昆虫入侵危害，开展有害昆虫的基础生物学研究，为区域生态环境安全、农牧业生产、种质资源保护服务。